Los efectos económicos de las plagas y enfermedades transfronterizas pueden ser complejos y exceder el efecto inmediato en los productos agrícolas directamente afectados. En casos específicos el efecto económico real variará dependiendo del tipo de plaga o enfermedad, aunque la complejidad de los efectos suele dificultar la medición precisa de los efectos económicos.
El mayor efecto económico directo un plaga y enfermedad transfronteriza es la pérdida de la producción o la menor eficiencia de la misma, ya se trate de cultivos o animales, lo que reduce los ingresos agrícolas. La gravedad de las consecuencias económicas dependerá de las circunstancias específicas. Si la economía de la explotación agrícola está relativamente diversificada y si existen otras oportunidades de ingresos, se reducirá su importancia. Inversamente, si la economía local es muy dependiente de uno o unos pocos productos básicos vulnerables, el efecto será mucho mayor y afectará la seguridad alimentaria local.
Los efectos de una menor productividad de los cultivos o los animales pueden ser de larga duración. Las infestaciones de las plagas pueden afectar las tasas de fertilización o la recuperación de las semillas, mientras que las aplicaciones de plaguicidas pueden dañar la fertilidad del suelo y el agua. Las enfermedades pueden tener efectos duraderos en la producción ganadera de muchas formas «escondidas» (como demoras en la reproducción, lo que lleva a una descendencia menor, y las consecuencias de una menor población) que suelen exceder las pérdidas asociadas con la enfermedad claramente visible.
Aunque la pérdida de la producción puede parecer fácil de identificar, resulta no obstante difícil medirla en términos económicos precisos. De hecho, tal evaluación económica no debería medir simplemente el valor de la producción perdida multiplicando las pérdidas físicas estimadas por el precio del mercado. Esto puede sin duda exagerar los probables efectos económicos del daño. Los efectos económicos reales dependerán también de la adaptación de los agricultores así como de los posibles ajustes del mercado. Entre las formas en que las comunidades agrícolas pueden responder a esta situación figuran replantar, utilizar reservas o vender bienes, realizar actividades no agrícolas que les permitan obtener ingresos, etc.
